More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1630 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 290 aa  566  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  90 
 
 		 290 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  59.86 
 
 		 286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  57.69 
 
 		 286 aa  278  7e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  55.04 
 
 		 289 aa  277  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  50 
 
 		 283 aa  255  6e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  49.3 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.79 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 277 aa  210  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  41.01 
 
 		 277 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  41.01 
 
 		 277 aa  209  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  42.48 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  41.01 
 
 		 277 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 		 277 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 288 aa  206  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 298 aa  206  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 298 aa  206  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 279 aa  206  3e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 280 aa  205  6e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 278 aa  205  7e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  203  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 		 277 aa  203  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 277 aa  199  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  39.86 
 
 		 286 aa  198  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 279 aa  195  7e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  40.48 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 280 aa  194  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  41.79 
 
 		 298 aa  191  1e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  39.65 
 
 		 291 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  43.94 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 273 aa  186  3e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 		 276 aa  185  8e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.31 
 
 		 284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  44.32 
 
 		 279 aa  182  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 273 aa  182  7e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  42.71 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 268 aa  171  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 268 aa  171  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  44.96 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  41.01 
 
 		 280 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  44.64 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  42.46 
 
 		 276 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  46.45 
 
 		 284 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  39.55 
 
 		 278 aa  165  9e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 288 aa  162  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  34.66 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 275 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 286 aa  159  3e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.27 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  39.24 
 
 		 279 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  37.26 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  41.73 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 279 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  40.48 
 
 		 292 aa  153  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.53 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  42.7 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  43.73 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  37.86 
 
 		 473 aa  150  2e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>