More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3572 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 284 aa  572  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  58.97 
 
 		 280 aa  317  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  55.27 
 
 		 285 aa  292  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  56.13 
 
 		 280 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  53.87 
 
 		 282 aa  289  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 		 285 aa  288  8e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  56.51 
 
 		 278 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  53.82 
 
 		 285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 284 aa  280  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  52.5 
 
 		 279 aa  277  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  51.66 
 
 		 279 aa  275  5e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  52.88 
 
 		 283 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 292 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  53.7 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  54.28 
 
 		 280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 286 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  55.05 
 
 		 290 aa  267  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 278 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  53.11 
 
 		 278 aa  262  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 		 282 aa  260  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  53.48 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  55.27 
 
 		 278 aa  260  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  55.87 
 
 		 287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  48.34 
 
 		 278 aa  253  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 		 279 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  53.16 
 
 		 277 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  48.34 
 
 		 279 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 282 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  45.79 
 
 		 276 aa  242  6e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 278 aa  236  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  51.3 
 
 		 283 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  48.55 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 291 aa  218  7e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  48.89 
 
 		 276 aa  206  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.48 
 
 		 274 aa  181  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 284 aa  170  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.14 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  39.02 
 
 		 285 aa  169  7e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.81 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 280 aa  166  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 269 aa  162  8.000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 298 aa  161  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 268 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 268 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 289 aa  158  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 273 aa  158  9e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.35 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.52 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.04 
 
 		 310 aa  152  4e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.81 
 
 		 279 aa  153  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 280 aa  152  7e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 279 aa  152  7e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.79 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 275 aa  149  6e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 271 aa  148  8e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  148  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  36.74 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.41 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  37.32 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 281 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  38.15 
 
 		 270 aa  145  6e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 280 aa  145  6e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  35.19 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 265 aa  143  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  35.4 
 
 		 265 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>