More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1254 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 278 aa  553  1e-156  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  55.27 
 
 		 284 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 		 285 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  51.25 
 
 		 289 aa  258  8e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  54.01 
 
 		 280 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  51.25 
 
 		 284 aa  255  5e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  53.87 
 
 		 283 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  52.92 
 
 		 280 aa  255  7e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 		 285 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.46 
 
 		 286 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 282 aa  252  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  51.62 
 
 		 278 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 286 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 285 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  51.09 
 
 		 280 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  50.9 
 
 		 292 aa  246  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 278 aa  245  6.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 279 aa  244  8e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 279 aa  242  6e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  56.57 
 
 		 283 aa  240  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 276 aa  237  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  49.08 
 
 		 279 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  55.72 
 
 		 276 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  51.45 
 
 		 278 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  53.43 
 
 		 282 aa  228  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 288 aa  228  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 278 aa  226  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 277 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 278 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  51.41 
 
 		 290 aa  222  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  50.68 
 
 		 287 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  44.01 
 
 		 291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 282 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  43.63 
 
 		 298 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  43.63 
 
 		 298 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 274 aa  169  6e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  45.62 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.96 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  42.75 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.98 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.59 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.98 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.04 
 
 		 280 aa  149  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  149  7e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  148  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.17 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 277 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 281 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 273 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  40.87 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 269 aa  139  7e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.29 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  35.98 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.23 
 
 		 279 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  38.11 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  38.11 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  37.74 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.5 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.83 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  37.5 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.9 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  43.3 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  38.66 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 265 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>