More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2813 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 282 aa  567  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  72.69 
 
 		 279 aa  407  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  71.59 
 
 		 279 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  71.59 
 
 		 279 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  62.91 
 
 		 276 aa  361  6e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 278 aa  336  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  60.14 
 
 		 278 aa  330  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  56.88 
 
 		 283 aa  278  9e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 284 aa  273  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  47.94 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 285 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  46.13 
 
 		 286 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 278 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 280 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  45.93 
 
 		 284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 283 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  49.44 
 
 		 280 aa  234  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  46.27 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  46.18 
 
 		 292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  46.49 
 
 		 286 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  49.07 
 
 		 279 aa  233  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 276 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  45.79 
 
 		 285 aa  232  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  48.96 
 
 		 290 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  45.05 
 
 		 285 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 280 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  47.21 
 
 		 279 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  41.96 
 
 		 291 aa  224  9e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 287 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  49.08 
 
 		 278 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 282 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  48.34 
 
 		 278 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 288 aa  215  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 278 aa  212  3.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  47.35 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.26 
 
 		 274 aa  178  7e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.15 
 
 		 280 aa  169  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  41.38 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.41 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  39.72 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 278 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.94 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.82 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 		 277 aa  152  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 276 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 281 aa  152  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  40.3 
 
 		 265 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  42.28 
 
 		 285 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.93 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 282 aa  148  8e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.72 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 271 aa  142  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  35.59 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  39.55 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 279 aa  142  5e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 268 aa  142  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 268 aa  142  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 282 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>