More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1035 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 287 aa  548  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  84.81 
 
 		 290 aa  441  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  72.3 
 
 		 288 aa  347  2e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  70.86 
 
 		 278 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  70.82 
 
 		 278 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  71.53 
 
 		 282 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  57.45 
 
 		 279 aa  287  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  55.87 
 
 		 284 aa  278  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  57.5 
 
 		 280 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 289 aa  268  8.999999999999999e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 284 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  52.84 
 
 		 292 aa  262  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  54.96 
 
 		 280 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  54.12 
 
 		 278 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  50.69 
 
 		 286 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  54.12 
 
 		 283 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.42 
 
 		 285 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.13 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  50.35 
 
 		 282 aa  249  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  54.61 
 
 		 280 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 		 285 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  48.07 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  53.76 
 
 		 279 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 278 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.47 
 
 		 279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  48.2 
 
 		 279 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.11 
 
 		 279 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  48.57 
 
 		 278 aa  233  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  52.1 
 
 		 277 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  53.96 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  45.05 
 
 		 276 aa  223  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  50.35 
 
 		 278 aa  218  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  53.24 
 
 		 276 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 292 aa  205  7e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  43.2 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  44.37 
 
 		 274 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  43.27 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 		 281 aa  158  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 277 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  44.53 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  37.05 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 271 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  36.18 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 		 282 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.38 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 298 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  38.46 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  38.35 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 282 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 272 aa  142  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  35.49 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  38.23 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  36.62 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 		 274 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  37.19 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  37.19 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  41.73 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  37.98 
 
 		 275 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 275 aa  138  7.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 279 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  38.13 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 269 aa  137  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  40.75 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  38.13 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  137  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>