More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR2069 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 284 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  98.24 
 
 		 289 aa  566  1e-160  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  82.5 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  57.76 
 
 		 285 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  57.88 
 
 		 279 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 		 286 aa  312  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  57.04 
 
 		 285 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  55.96 
 
 		 286 aa  304  8.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 		 282 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  53.79 
 
 		 280 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 284 aa  280  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 		 280 aa  276  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  51.47 
 
 		 283 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 		 278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.64 
 
 		 279 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  51.65 
 
 		 280 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  55.43 
 
 		 278 aa  269  5e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  55.8 
 
 		 278 aa  268  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  55.96 
 
 		 288 aa  268  7e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 285 aa  265  7e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  48.73 
 
 		 291 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  50.53 
 
 		 277 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 287 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  47.78 
 
 		 279 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  47.12 
 
 		 279 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  54.68 
 
 		 282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 279 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  51.25 
 
 		 278 aa  232  5e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 		 278 aa  231  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  45.76 
 
 		 278 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  46.91 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  45.93 
 
 		 282 aa  212  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  47.67 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  48.73 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  39.13 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  42.16 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  42.16 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  39.27 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 289 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  41.38 
 
 		 274 aa  162  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 284 aa  159  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 279 aa  158  8e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 298 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 277 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.35 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.93 
 
 		 280 aa  155  8e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 279 aa  151  8.999999999999999e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 272 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 281 aa  149  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 272 aa  148  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  39.35 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  39.35 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  38.68 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.67 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>