More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1109 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 285 aa  569  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  87.77 
 
 		 279 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  80.36 
 
 		 278 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  79.18 
 
 		 283 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  78.44 
 
 		 280 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  79.49 
 
 		 277 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  75.9 
 
 		 280 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  56.3 
 
 		 282 aa  288  7e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 		 284 aa  288  8e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  56.67 
 
 		 280 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  53.6 
 
 		 285 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 		 286 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 		 285 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  51.81 
 
 		 289 aa  271  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 286 aa  268  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 284 aa  265  7e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  53.53 
 
 		 279 aa  265  7e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  56.99 
 
 		 278 aa  249  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  55.88 
 
 		 278 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  56.25 
 
 		 288 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  51.38 
 
 		 290 aa  241  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  56.93 
 
 		 282 aa  241  9e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  49.24 
 
 		 276 aa  236  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 		 278 aa  233  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  228  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  49.46 
 
 		 279 aa  228  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 		 291 aa  223  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  47.21 
 
 		 278 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 282 aa  219  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 283 aa  206  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  48.38 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  48.92 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  43.65 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 		 298 aa  158  8e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 		 298 aa  158  8e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.28 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.62 
 
 		 279 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.99 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  146  3e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.52 
 
 		 298 aa  147  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  34.6 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 277 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 289 aa  142  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  43.53 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  36.36 
 
 		 265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  40.55 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.32 
 
 		 280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 273 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.29 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 273 aa  136  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  35.31 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.28 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 271 aa  132  6e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 280 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  41.25 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 275 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 269 aa  125  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 		 281 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 276 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>