More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1489 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 278 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  90.29 
 
 		 288 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  89.57 
 
 		 278 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  76.81 
 
 		 282 aa  364  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  70.11 
 
 		 290 aa  343  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  70.82 
 
 		 287 aa  329  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  60.36 
 
 		 279 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  56.63 
 
 		 292 aa  288  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  58.46 
 
 		 280 aa  287  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  56.16 
 
 		 289 aa  281  9e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 284 aa  279  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  55.8 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  57.51 
 
 		 279 aa  273  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  58.03 
 
 		 283 aa  271  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  52.55 
 
 		 286 aa  271  9e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  56.99 
 
 		 285 aa  269  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  57.45 
 
 		 280 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  56.73 
 
 		 280 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  53.05 
 
 		 282 aa  265  7e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  55.27 
 
 		 278 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 286 aa  258  8e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  59.63 
 
 		 276 aa  257  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.71 
 
 		 285 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.99 
 
 		 285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 278 aa  235  7e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 278 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  54.04 
 
 		 277 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  48.33 
 
 		 279 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 279 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 279 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  45.2 
 
 		 291 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  53.82 
 
 		 283 aa  221  7e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  48.36 
 
 		 278 aa  218  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  49.07 
 
 		 282 aa  209  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  45.21 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  45.21 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  42.91 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  45.65 
 
 		 274 aa  175  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  41.54 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 		 284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  43.33 
 
 		 270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  39.49 
 
 		 281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  39.85 
 
 		 265 aa  162  7e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  37.36 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  42.46 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 298 aa  154  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 271 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  42.69 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  37.83 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 		 282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  37.83 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  40.59 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 274 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  44.98 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  38.21 
 
 		 274 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  41.48 
 
 		 274 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 278 aa  149  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 282 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 272 aa  148  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  41.82 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 273 aa  146  5e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 		 275 aa  145  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  41.94 
 
 		 270 aa  145  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>