More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2761 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 276 aa  537  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  56.74 
 
 		 292 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  59.63 
 
 		 278 aa  256  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  56.27 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 278 aa  253  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  57.51 
 
 		 288 aa  253  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 278 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 279 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  47.76 
 
 		 276 aa  238  9e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 279 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 279 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 282 aa  231  8.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 278 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.1 
 
 		 279 aa  228  8e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  52.04 
 
 		 280 aa  227  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  55.72 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  48.89 
 
 		 284 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  49.09 
 
 		 289 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 286 aa  221  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  48.73 
 
 		 284 aa  218  7.999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 282 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  48.92 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 278 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 286 aa  215  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  49.26 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  46.84 
 
 		 285 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  50.56 
 
 		 280 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 283 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 290 aa  208  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  46.49 
 
 		 285 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  47.89 
 
 		 280 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  54.21 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  45.8 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  50.87 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 		 291 aa  192  7e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  47.64 
 
 		 277 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.81 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  44.92 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  42.46 
 
 		 290 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  42.44 
 
 		 271 aa  165  9e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  38.87 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  42.35 
 
 		 279 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  44.96 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 273 aa  159  4e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  42.65 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 285 aa  158  9e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.69 
 
 		 280 aa  157  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 		 281 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.82 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 288 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 277 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  41.5 
 
 		 270 aa  149  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  39.13 
 
 		 263 aa  148  8e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 271 aa  148  8e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.65 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 268 aa  146  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 268 aa  146  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 308 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 271 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  42.01 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  40.47 
 
 		 265 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.63 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  42.65 
 
 		 284 aa  142  9e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  43.73 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  38.26 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  43.02 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.62 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 		 271 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  38.98 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>