More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4117 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  79.49 
 
 		 285 aa  447  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  78.68 
 
 		 278 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  77.41 
 
 		 279 aa  434  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  78.81 
 
 		 283 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  78.52 
 
 		 280 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  72.59 
 
 		 280 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  56.13 
 
 		 282 aa  285  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 		 280 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 		 285 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.66 
 
 		 285 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  50.89 
 
 		 289 aa  269  4e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 286 aa  267  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  50.53 
 
 		 284 aa  266  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  51.62 
 
 		 292 aa  266  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 284 aa  264  8.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 286 aa  264  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 		 279 aa  260  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  59.06 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  54.04 
 
 		 278 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  53.85 
 
 		 288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 278 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  45.22 
 
 		 291 aa  227  1e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 276 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  52.1 
 
 		 287 aa  222  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  47.64 
 
 		 278 aa  215  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  46.74 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  46.74 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  46.72 
 
 		 279 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  46.07 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  47.92 
 
 		 282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  48.39 
 
 		 283 aa  195  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  47.64 
 
 		 276 aa  193  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  43.65 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 298 aa  169  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 298 aa  169  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  42.49 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  39.58 
 
 		 289 aa  158  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  39.34 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 		 284 aa  155  7e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 275 aa  153  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 279 aa  149  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 298 aa  149  6e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.35 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.85 
 
 		 280 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.49 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  35.98 
 
 		 265 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 277 aa  139  6e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  41.96 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.23 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 297 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 280 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.22 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  37.09 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.9 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 271 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  34.94 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  26.89 
 
 		 261 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 		 265 aa  125  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 275 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 276 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>