More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3384 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 292 aa  567  1e-161  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  56.74 
 
 		 276 aa  252  6e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  48.75 
 
 		 278 aa  226  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  48.55 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  52.67 
 
 		 278 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  52.5 
 
 		 288 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  47.19 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  49.46 
 
 		 282 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  48.2 
 
 		 292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  47.23 
 
 		 279 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  48.91 
 
 		 280 aa  215  8e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  46.91 
 
 		 284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  46.86 
 
 		 279 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  53.41 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  46.86 
 
 		 279 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  47.25 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  48.55 
 
 		 279 aa  207  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  47.46 
 
 		 278 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 278 aa  206  5e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  47.72 
 
 		 280 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  47.27 
 
 		 279 aa  205  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  45.67 
 
 		 283 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  53 
 
 		 282 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 286 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  48.55 
 
 		 280 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  48.38 
 
 		 285 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  47.35 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  44.8 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  44.8 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  47.19 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  46.07 
 
 		 277 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 278 aa  182  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  38.69 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  49.65 
 
 		 287 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  44.81 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  44.81 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  43.49 
 
 		 286 aa  172  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 284 aa  168  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 298 aa  165  8e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  40.46 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 273 aa  159  4e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.14 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  41.4 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  38.89 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.36 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.71 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  40.48 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 273 aa  143  4e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  44.04 
 
 		 284 aa  142  8e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.86 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 		 293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  40.85 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  40.46 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 274 aa  136  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  27.51 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 269 aa  135  8e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.99 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.87 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 268 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 268 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 285 aa  134  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>