More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_5013 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 285 aa  550  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 		 276 aa  210  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  45.22 
 
 		 278 aa  210  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 278 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  44.07 
 
 		 279 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 		 279 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  43.22 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  42.18 
 
 		 284 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  43.66 
 
 		 280 aa  185  7e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  41.28 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  40.78 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  40.43 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  41.03 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  40.85 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  45.62 
 
 		 278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 		 279 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  42.28 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 		 280 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 278 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  43.17 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  39.56 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  43.61 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.18 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.29 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.81 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 284 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.82 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.93 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  39.92 
 
 		 270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 286 aa  132  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 286 aa  132  6e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.33 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  132  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.33 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.97 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  41.83 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.62 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.51 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 277 aa  129  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.56 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  39.63 
 
 		 265 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>