More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1275 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 290 aa  558  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  84.81 
 
 		 287 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  70.86 
 
 		 288 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  70.14 
 
 		 278 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  70.11 
 
 		 278 aa  352  4e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  68.33 
 
 		 282 aa  324  9e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  59.5 
 
 		 279 aa  299  4e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  55.83 
 
 		 284 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  58.3 
 
 		 280 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  54.42 
 
 		 292 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  53.02 
 
 		 289 aa  268  8e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  53.02 
 
 		 284 aa  266  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  54.33 
 
 		 280 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  54.01 
 
 		 285 aa  262  6e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.94 
 
 		 286 aa  261  8.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  53.15 
 
 		 279 aa  257  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  51.06 
 
 		 282 aa  256  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 		 280 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  52.78 
 
 		 283 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  53.43 
 
 		 278 aa  254  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.42 
 
 		 285 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.8 
 
 		 285 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  49.65 
 
 		 279 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 278 aa  247  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.65 
 
 		 279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  49.28 
 
 		 278 aa  240  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  47.14 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  53.07 
 
 		 277 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  49.65 
 
 		 282 aa  229  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  53.6 
 
 		 283 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  53.21 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  48.34 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 291 aa  211  9e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  53.24 
 
 		 276 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 277 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  44.14 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  43.27 
 
 		 265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  44.24 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  42.37 
 
 		 289 aa  165  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.45 
 
 		 286 aa  162  8.000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 298 aa  160  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  43.94 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.69 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  41.81 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  37.77 
 
 		 272 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 272 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 272 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  37.77 
 
 		 272 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 272 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 272 aa  146  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  41.42 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  39.1 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 274 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 271 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 282 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  36.56 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 269 aa  140  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 272 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>