More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3211 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  73.33 
 
 		 285 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  73.33 
 
 		 285 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  61.05 
 
 		 286 aa  364  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  56.52 
 
 		 292 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  55.96 
 
 		 284 aa  304  9.000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 		 279 aa  301  7.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 		 289 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.99 
 
 		 279 aa  281  9e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 		 285 aa  280  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  51.27 
 
 		 283 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 		 278 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 284 aa  273  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 282 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  51.29 
 
 		 280 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 280 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  48.03 
 
 		 291 aa  262  4e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  51.06 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  52.55 
 
 		 278 aa  260  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 278 aa  259  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 280 aa  257  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 277 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.28 
 
 		 279 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.28 
 
 		 279 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 278 aa  236  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  51.43 
 
 		 282 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  47.83 
 
 		 276 aa  236  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 		 279 aa  234  9e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  48.07 
 
 		 287 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  45.68 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  45.94 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  46.13 
 
 		 282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 276 aa  202  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  45.62 
 
 		 283 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 274 aa  179  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  38.44 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 284 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 308 aa  152  4e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 275 aa  153  4e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 278 aa  149  4e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  37.32 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 273 aa  145  6e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 280 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  40.55 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 288 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.94 
 
 		 280 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 		 298 aa  137  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.8 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.26 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 315 aa  135  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 274 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 		 281 aa  132  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 286 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 277 aa  132  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.5 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>