More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3666 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 272 aa  556  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  98.53 
 
 		 272 aa  547  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  97.79 
 
 		 272 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  97.79 
 
 		 272 aa  544  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  97.79 
 
 		 272 aa  544  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  97.79 
 
 		 272 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  97.79 
 
 		 272 aa  544  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  97.43 
 
 		 272 aa  542  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  96.32 
 
 		 272 aa  536  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  84.93 
 
 		 273 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  84.56 
 
 		 272 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  84.56 
 
 		 272 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  84.19 
 
 		 273 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  84.19 
 
 		 272 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  79.41 
 
 		 272 aa  454  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  61.71 
 
 		 273 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  61.71 
 
 		 273 aa  353  2e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  61.71 
 
 		 273 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4506  shikimate 5-dehydrogenase  65.68 
 
 		 272 aa  352  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000408747  hitchhiker  0.000607991 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 		 275 aa  340  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 		 275 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  59.48 
 
 		 275 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  57.25 
 
 		 275 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  52.77 
 
 		 277 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  52.22 
 
 		 273 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 271 aa  278  9e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 		 292 aa  274  9e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  52.03 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  54.91 
 
 		 274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 278 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 277 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  51.25 
 
 		 292 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 277 aa  271  7e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  51.26 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 282 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 287 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  55.11 
 
 		 273 aa  268  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 282 aa  268  7e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 282 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  52.94 
 
 		 270 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 		 274 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 273 aa  267  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  50.19 
 
 		 271 aa  266  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 282 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  53.82 
 
 		 274 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 275 aa  265  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  52.21 
 
 		 304 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0006  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 271 aa  264  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  53.28 
 
 		 273 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 282 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 		 274 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  51.1 
 
 		 272 aa  261  8e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 274 aa  258  6e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 274 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 272 aa  256  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 277 aa  255  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  52.71 
 
 		 277 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  51.11 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  53.16 
 
 		 265 aa  246  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  48.89 
 
 		 271 aa  242  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  49.26 
 
 		 282 aa  241  7e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  49.07 
 
 		 278 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 		 275 aa  240  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 272 aa  238  8e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  48.15 
 
 		 270 aa  238  8e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  47.46 
 
 		 278 aa  237  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  47.48 
 
 		 290 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  48.7 
 
 		 273 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 272 aa  236  3e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  49.27 
 
 		 274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  48.88 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  48.13 
 
 		 288 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  47.76 
 
 		 288 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  47.96 
 
 		 288 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  46.24 
 
 		 287 aa  228  9e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  47.76 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 266 aa  226  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  47.76 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  47.76 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 301 aa  225  5.0000000000000005e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  45.68 
 
 		 287 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  49.62 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  49.24 
 
 		 290 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  47.46 
 
 		 282 aa  218  6e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0418  dehydroshikimate reductase  44.4 
 
 		 254 aa  216  4e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  44.94 
 
 		 272 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  44.77 
 
 		 305 aa  214  9e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  43.68 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  44.94 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>