More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_0689 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
285 aa  591  1e-168  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  54.77 
 
 
286 aa  295  5e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 
283 aa  227  1e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 
292 aa  201  9e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 
291 aa  198  7.999999999999999e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 
292 aa  194  1e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 
277 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 
289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 
289 aa  182  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 
284 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
288 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 
291 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
288 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  35.74 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  35.74 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.57 
 
 
286 aa  180  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 
297 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 
288 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 
288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.52 
 
 
283 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 
290 aa  172  5.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 
294 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.56 
 
 
298 aa  171  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 
290 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
277 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
277 aa  169  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  39.02 
 
 
284 aa  169  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 
308 aa  168  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
277 aa  168  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 
289 aa  168  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
277 aa  168  9e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 
273 aa  168  9e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
277 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 
277 aa  166  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 
288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 
288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 
288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 
288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 
288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
279 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 
277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 
277 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 
289 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 
289 aa  161  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 
277 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.3 
 
 
286 aa  159  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
268 aa  159  7e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
268 aa  159  7e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  37.63 
 
 
295 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 
275 aa  155  6e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
298 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
298 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 
278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 
283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
286 aa  153  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 
278 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  34.75 
 
 
274 aa  153  4e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 
297 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 
286 aa  150  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 
298 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 
280 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
286 aa  149  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 
279 aa  149  5e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 
288 aa  146  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 
360 aa  146  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  37.98 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  31.51 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 
293 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
286 aa  145  9e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
276 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 
311 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 
289 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.9 
 
 
288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 
284 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 
271 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
279 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 
283 aa  142  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
278 aa  142  6e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 
271 aa  142  6e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 
279 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 
279 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.42 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.29 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 
285 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 
269 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
295 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 
271 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 
305 aa  140  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>