More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_2675 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 289 aa  585  1e-166  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  71.08 
 
 		 289 aa  420  1e-116  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 322 aa  338  7e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  48.97 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  49.14 
 
 		 311 aa  299  4e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  47.77 
 
 		 311 aa  293  2e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 285 aa  265  5.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 		 286 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  44.1 
 
 		 286 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  42.71 
 
 		 286 aa  254  8e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 298 aa  240  2e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  43.86 
 
 		 288 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  45.27 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  45.91 
 
 		 288 aa  216  5e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  42.23 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 288 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 288 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 297 aa  175  7e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.82 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.73 
 
 		 284 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.68 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.49 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.17 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.3 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.28 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.52 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 277 aa  149  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  33.8 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30.21 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  34.33 
 
 		 274 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 		 280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  35.99 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.54 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  35.1 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.04 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.75 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.75 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.39 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 		 268 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 		 268 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.39 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  37.73 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 276 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  37.29 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>