More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1774 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 293 aa  600  1.0000000000000001e-171  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.71 
 
 		 290 aa  328  7e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  52.56 
 
 		 295 aa  295  6e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  52.6 
 
 		 287 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  52.26 
 
 		 295 aa  280  3e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  54.36 
 
 		 283 aa  276  2e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 280 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.99 
 
 		 289 aa  162  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 271 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 280 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.24 
 
 		 286 aa  155  8e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  36.24 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 298 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 277 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 278 aa  148  8e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 308 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 277 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.49 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.57 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.57 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.07 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.71 
 
 		 276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.84 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 		 280 aa  135  9e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.32 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.51 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.33 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 276 aa  132  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 286 aa  132  7.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.19 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.85 
 
 		 279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.26 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  34.04 
 
 		 269 aa  130  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.43 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 270 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.36 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.21 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.49 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  30.97 
 
 		 276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 291 aa  125  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 285 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.44 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.07 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.33 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>