More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1797 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 295 aa  605  9.999999999999999e-173  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  62.2 
 
 		 295 aa  363  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  57.88 
 
 		 287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  61.3 
 
 		 283 aa  322  4e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.43 
 
 		 290 aa  291  9e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  54.11 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  52.26 
 
 		 293 aa  280  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.98 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 284 aa  176  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.18 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.13 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 279 aa  148  9e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.17 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.03 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 280 aa  145  9e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 288 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 288 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  34.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  34.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  34.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  34.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  34.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.79 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  34.13 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  37.19 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.13 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.13 
 
 		 288 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.61 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.71 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.05 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  33 
 
 		 286 aa  139  7e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 286 aa  139  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.11 
 
 		 280 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.92 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.46 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.81 
 
 		 293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.53 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 289 aa  132  7.999999999999999e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.23 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.56 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 		 277 aa  128  9.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  31.9 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 276 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.81 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.33 
 
 		 256 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 275 aa  122  5e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  34.11 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.21 
 
 		 274 aa  122  7e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.97 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>