More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1310 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 274 aa  550  1e-156  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  63.64 
 
 		 276 aa  341  7e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  63.67 
 
 		 272 aa  339  2.9999999999999998e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  64.31 
 
 		 271 aa  334  1e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  61.57 
 
 		 272 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  65.02 
 
 		 265 aa  328  5.0000000000000004e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  57.99 
 
 		 270 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.19 
 
 		 272 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  59.18 
 
 		 272 aa  321  8e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 272 aa  314  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 272 aa  314  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  59.77 
 
 		 272 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  59.77 
 
 		 272 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  59.77 
 
 		 272 aa  312  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  57.62 
 
 		 273 aa  311  9e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 273 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  57.46 
 
 		 273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  59.77 
 
 		 274 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  59.77 
 
 		 274 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  58.27 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  58.27 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  56.93 
 
 		 273 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  59.02 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.78 
 
 		 271 aa  299  3e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  61.25 
 
 		 298 aa  298  6e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.67 
 
 		 274 aa  298  9e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  60.9 
 
 		 273 aa  292  4e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  55.22 
 
 		 271 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  56.08 
 
 		 258 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.5 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 271 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 458 aa  125  9e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 		 283 aa  122  5e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.35 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 284 aa  119  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 		 287 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 457 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.14 
 
 		 273 aa  106  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 283 aa  106  5e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.91 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  25.83 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.47 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 		 261 aa  102  8e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  34.76 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 279 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  28.73 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  28.73 
 
 		 288 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.19 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 289 aa  95.5  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 292 aa  95.5  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  25.51 
 
 		 273 aa  94.7  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.22 
 
 		 454 aa  94.7  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  27.45 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  28.36 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  28.36 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  28.36 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  28.36 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  28.36 
 
 		 288 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 277 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  28.36 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  28.36 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  25.82 
 
 		 278 aa  93.2  4e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>