More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_1138 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  535  1e-151  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  58.08 
 
 
262 aa  295  4e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 
262 aa  285  4e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  52.51 
 
 
262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  49.61 
 
 
263 aa  266  4e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  47.88 
 
 
262 aa  248  8e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  46.92 
 
 
263 aa  247  2e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  47.88 
 
 
262 aa  246  2e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  47.49 
 
 
262 aa  243  1.9999999999999999e-63  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  45.98 
 
 
261 aa  224  1e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 
277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
284 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 
284 aa  131  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 
278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 
277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 
275 aa  129  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.6 
 
 
277 aa  126  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 
277 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
271 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
295 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 
273 aa  123  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 
273 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 
288 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
279 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 
273 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 
301 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 
271 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 
288 aa  122  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.37 
 
 
298 aa  122  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 
273 aa  122  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 
273 aa  121  9e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  32.61 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  32.61 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 
276 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
272 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 
280 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 
301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 
271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.82 
 
 
286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 
279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 
277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 
289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 
360 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 
278 aa  119  7e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 
272 aa  118  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
269 aa  118  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 
289 aa  116  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
272 aa  116  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 
284 aa  115  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 
274 aa  115  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 
286 aa  115  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  32.41 
 
 
265 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 
275 aa  115  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.69 
 
 
278 aa  115  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 
275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 
278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 
285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  34.65 
 
 
274 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  29.92 
 
 
613 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 
286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 
270 aa  112  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 
290 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 
276 aa  112  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 
289 aa  112  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.86 
 
 
279 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
272 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 
271 aa  112  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
272 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
272 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 
315 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
279 aa  111  9e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 
288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  30.32 
 
 
280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>