More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0492 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 261 aa  536  1e-151  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  60.69 
 
 		 262 aa  307  1.0000000000000001e-82  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  59.92 
 
 		 262 aa  304  8.000000000000001e-82  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  58.78 
 
 		 262 aa  299  4e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  53.96 
 
 		 262 aa  256  2e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 262 aa  241  7.999999999999999e-63  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  49.24 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  45.98 
 
 		 261 aa  224  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  45.02 
 
 		 263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 		 263 aa  211  7e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  37.35 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 277 aa  129  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 277 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  33.72 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  33.72 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 273 aa  123  4e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 272 aa  122  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  32.82 
 
 		 270 aa  122  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.09 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  30.23 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.08 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 272 aa  119  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 272 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  32.16 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  115  6e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 272 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.55 
 
 		 271 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 272 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.55 
 
 		 271 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.23 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 275 aa  112  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  29.71 
 
 		 280 aa  112  5e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.8 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.39 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  31.3 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  32.56 
 
 		 274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 297 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 286 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 278 aa  108  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 272 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 285 aa  108  6e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5512  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 277 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.612524  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.94 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 266 aa  108  9.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  33.86 
 
 		 291 aa  106  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0006  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.72 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 279 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>