More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mthe_1501 on replicon NC_008553
Organism: Methanosaeta thermophila PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 269 aa  535  1e-151  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  48.55 
 
 		 280 aa  263  2e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  49.62 
 
 		 269 aa  249  2e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  45.93 
 
 		 271 aa  188  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  43.62 
 
 		 280 aa  183  3e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 279 aa  170  2e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2478  shikimate 5-dehydrogenase  44.19 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  43.45 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 280 aa  166  5e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 277 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.71 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  42.37 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  39.01 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.27 
 
 		 277 aa  156  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  38.63 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  42.8 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0456  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.637714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  41.94 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  36.14 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 262 aa  151  8.999999999999999e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 277 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  38.74 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.73 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 262 aa  149  6e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 291 aa  148  8e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 262 aa  148  9e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  40.64 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  37.91 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 292 aa  143  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  41.52 
 
 		 276 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  34.85 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  42.6 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  40.74 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 289 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 288 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 288 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  35.34 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  35.34 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 301 aa  135  5e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.79 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.96 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 262 aa  135  7.000000000000001e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  37 
 
 		 270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 261 aa  132  5e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>