More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_0456 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012029  Hlac_0456  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 274 aa  525  1e-148  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.637714 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  70.61 
 
 		 280 aa  335  5.999999999999999e-91  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  71.43 
 
 		 265 aa  329  4e-89  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  70.18 
 
 		 271 aa  324  1e-87  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2478  shikimate 5-dehydrogenase  69.6 
 
 		 265 aa  310  2e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  61.17 
 
 		 266 aa  293  2e-78  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  45.39 
 
 		 280 aa  239  2e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  43.01 
 
 		 269 aa  217  2e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 269 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 277 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 277 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 277 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  39.1 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 286 aa  165  9e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 280 aa  162  7e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.77 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 279 aa  159  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 295 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  41.2 
 
 		 526 aa  151  1e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  41.45 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 		 293 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  43.32 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  36.75 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  35.76 
 
 		 288 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  39.01 
 
 		 283 aa  145  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.4 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.4 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.94 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 271 aa  143  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.78 
 
 		 283 aa  143  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  45.32 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.76 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  44.48 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.71 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 284 aa  138  7.999999999999999e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  43.21 
 
 		 284 aa  138  8.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.54 
 
 		 298 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.54 
 
 		 298 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 613 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  39.44 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  28.21 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 288 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 288 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 288 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 288 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 		 288 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.11 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  36.93 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.33 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 283 aa  129  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.25 
 
 		 295 aa  128  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>