More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_46700 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  549  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 273 aa  156  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 286 aa  149  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.92 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 272 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 272 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 284 aa  148  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  37.9 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.43 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  39.35 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  35.47 
 
 		 269 aa  145  5e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  37.9 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  37.9 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.29 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.67 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 265 aa  142  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.92 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.58 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 277 aa  141  9e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 277 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  41.06 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.66 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 273 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 272 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 277 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.16 
 
 		 283 aa  138  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.29 
 
 		 271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30.97 
 
 		 269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 268 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 268 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.5 
 
 		 272 aa  135  9e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  37.65 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2478  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 265 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 285 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.96 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.96 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.59 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 457 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  37.18 
 
 		 526 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  36.29 
 
 		 258 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  39.85 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.19 
 
 		 269 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  39 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.21 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.43 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>