More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_7058 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 272 aa  548  1e-155  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  70.22 
 
 		 272 aa  399  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  66.42 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  66.42 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  66.42 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  66.42 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  66.42 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  67.79 
 
 		 272 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  64.71 
 
 		 272 aa  373  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  360  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  360  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  65.44 
 
 		 271 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  64.58 
 
 		 273 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  65.31 
 
 		 273 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  65.07 
 
 		 273 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  65.07 
 
 		 273 aa  349  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.94 
 
 		 271 aa  343  2e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.67 
 
 		 274 aa  339  2.9999999999999998e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  63.71 
 
 		 258 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  59.34 
 
 		 276 aa  335  5e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  59.33 
 
 		 270 aa  334  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  60.67 
 
 		 274 aa  327  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  61.07 
 
 		 265 aa  323  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 274 aa  322  6e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 274 aa  322  6e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.33 
 
 		 274 aa  318  5e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  60.29 
 
 		 298 aa  314  9e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 273 aa  305  6e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.33 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.78 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 271 aa  115  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 458 aa  109  5e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 289 aa  108  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 277 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  30.55 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.83 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 457 aa  105  5e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 277 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 278 aa  105  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  26.59 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.24 
 
 		 298 aa  100  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 454 aa  100  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  24.11 
 
 		 278 aa  99.4  6e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  24.69 
 
 		 271 aa  99.4  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  26.59 
 
 		 294 aa  98.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  23.85 
 
 		 271 aa  98.2  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.39 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 462 aa  97.8  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.04 
 
 		 283 aa  97.4  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  26.07 
 
 		 280 aa  96.7  4e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  25.63 
 
 		 275 aa  94.7  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.65 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  27.54 
 
 		 289 aa  93.6  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  25.87 
 
 		 298 aa  92.8  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  31.32 
 
 		 288 aa  92.8  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  30.83 
 
 		 288 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 284 aa  92.4  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  31.2 
 
 		 288 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  32.52 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>