More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_1563 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 462 aa  946    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  53 
 
 		 458 aa  427  1e-118  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  45.32 
 
 		 454 aa  355  6.999999999999999e-97  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  45.75 
 
 		 457 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 277 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 278 aa  160  6e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 280 aa  160  6e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 		 277 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.31 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 279 aa  156  6e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 277 aa  156  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 277 aa  156  7e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 277 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 277 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.79 
 
 		 284 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 		 277 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  38.17 
 
 		 613 aa  153  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.64 
 
 		 279 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 277 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 273 aa  147  5e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 280 aa  146  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 		 277 aa  145  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 287 aa  144  4e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 286 aa  143  6e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 301 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 		 271 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 273 aa  141  3e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 		 286 aa  139  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 293 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 284 aa  136  8e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 286 aa  136  9e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 296 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.36 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.83 
 
 		 280 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 274 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  31.87 
 
 		 517 aa  130  7.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 271 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 		 271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 294 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 262 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 279 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 274 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 274 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  32.96 
 
 		 269 aa  127  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 285 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 		 269 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  32.74 
 
 		 493 aa  127  5e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 290 aa  126  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.04 
 
 		 283 aa  126  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 286 aa  126  9e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 		 271 aa  126  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 277 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 286 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.23 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 291 aa  124  3e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.62 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.62 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.62 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  123  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.73 
 
 		 288 aa  123  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2478  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 265 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 		 280 aa  122  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  31.65 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.64 
 
 		 289 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 		 271 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  36.21 
 
 		 258 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 288 aa  121  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 269 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.85 
 
 		 244 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 297 aa  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 		 265 aa  119  9.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 261 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.17 
 
 		 288 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  32.99 
 
 		 526 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 292 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 272 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 284 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 283 aa  117  6e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  38.65 
 
 		 171 aa  117  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 272 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 283 aa  117  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.46 
 
 		 271 aa  116  8.999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 265 aa  116  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>