More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4140 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 272 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  99.26 
 
 		 272 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  99.63 
 
 		 272 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  99.63 
 
 		 272 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  99.26 
 
 		 272 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  74.91 
 
 		 272 aa  426  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  73.43 
 
 		 272 aa  421  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  73.43 
 
 		 272 aa  421  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  66.42 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  62.73 
 
 		 272 aa  367  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  63.1 
 
 		 276 aa  342  5e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  60.52 
 
 		 271 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  59.04 
 
 		 273 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  335  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  56.18 
 
 		 270 aa  332  5e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  60.92 
 
 		 265 aa  329  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 		 273 aa  328  7e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  57.93 
 
 		 273 aa  328  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  56.83 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  61.81 
 
 		 258 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.77 
 
 		 274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  56.3 
 
 		 274 aa  305  6e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.81 
 
 		 271 aa  302  3.0000000000000004e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 		 298 aa  295  6e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  52.06 
 
 		 274 aa  289  4e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  51.69 
 
 		 274 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  51.69 
 
 		 274 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 273 aa  268  8e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.43 
 
 		 271 aa  268  8.999999999999999e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.5 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 287 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.5 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.11 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.2 
 
 		 283 aa  105  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 457 aa  102  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.54 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 462 aa  100  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 285 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  30.93 
 
 		 270 aa  97.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.23 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 277 aa  96.3  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 308 aa  96.3  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 277 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 277 aa  95.5  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  29.69 
 
 		 315 aa  95.1  9e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.59 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.34 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 279 aa  94  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  28.75 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.05 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.9 
 
 		 285 aa  93.2  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.03 
 
 		 289 aa  92.8  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.34 
 
 		 277 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.52 
 
 		 285 aa  92.4  7e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 		 277 aa  92.4  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 292 aa  92  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 292 aa  91.3  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  26.88 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 		 271 aa  91.7  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  33.48 
 
 		 454 aa  90.9  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  26.02 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  27.62 
 
 		 271 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 273 aa  90.1  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  31.49 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 283 aa  89.7  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 286 aa  90.1  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.77 
 
 		 269 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 298 aa  89  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 298 aa  89  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  28.26 
 
 		 283 aa  88.6  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  31 
 
 		 473 aa  88.2  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  30.12 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  26.39 
 
 		 289 aa  88.2  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 271 aa  88.6  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>