More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3713 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 272 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  71.96 
 
 		 273 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  70.59 
 
 		 273 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  70.22 
 
 		 271 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  70.22 
 
 		 273 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  69.74 
 
 		 273 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  67.79 
 
 		 272 aa  376  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  68.22 
 
 		 258 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  64.34 
 
 		 272 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 272 aa  338  5.9999999999999996e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  336  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  336  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  335  3.9999999999999995e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  335  3.9999999999999995e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  335  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  62.21 
 
 		 265 aa  333  1e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 276 aa  333  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  59.02 
 
 		 272 aa  332  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  59.02 
 
 		 272 aa  332  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.05 
 
 		 271 aa  331  8e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.57 
 
 		 274 aa  330  2e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  57.89 
 
 		 274 aa  323  2e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  56.77 
 
 		 274 aa  318  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  56.77 
 
 		 274 aa  318  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  55.26 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.8 
 
 		 274 aa  305  6e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  58.05 
 
 		 273 aa  298  5e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  55.72 
 
 		 298 aa  296  2e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.51 
 
 		 271 aa  277  2e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.46 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.61 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 289 aa  116  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.45 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  29.78 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 458 aa  107  3e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 277 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.45 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.45 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.45 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.08 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.45 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.45 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.45 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 		 273 aa  103  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  31.32 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.08 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  27.56 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 271 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 277 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 279 aa  99.8  5e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 289 aa  99.8  5e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 291 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  26.77 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 462 aa  97.4  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  31.3 
 
 		 280 aa  96.7  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.28 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 270 aa  96.7  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.16 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 454 aa  95.1  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 291 aa  94  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.45 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.92 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 292 aa  94  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 285 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 290 aa  91.3  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.26 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 360 aa  91.7  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 		 284 aa  91.3  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  26.54 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>