More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2889 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 276 aa  562  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  83.64 
 
 		 265 aa  455  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  63.1 
 
 		 272 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  63.1 
 
 		 272 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  63.1 
 
 		 272 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  63.1 
 
 		 272 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  63.1 
 
 		 272 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.64 
 
 		 274 aa  341  7e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  59.34 
 
 		 272 aa  335  5e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  334  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  334  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  59.71 
 
 		 272 aa  333  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 		 271 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  58.55 
 
 		 272 aa  329  3e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  59.63 
 
 		 273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  59.63 
 
 		 273 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.64 
 
 		 274 aa  326  3e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  56.25 
 
 		 270 aa  325  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  57.51 
 
 		 274 aa  317  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  57.51 
 
 		 274 aa  317  2e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  58.03 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.18 
 
 		 271 aa  311  5.999999999999999e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  57.63 
 
 		 258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.91 
 
 		 271 aa  299  3e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  60.36 
 
 		 273 aa  292  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  35.1 
 
 		 458 aa  128  9.000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 271 aa  125  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.8 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 457 aa  120  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 284 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.14 
 
 		 290 aa  118  9e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  36.36 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.94 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.14 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 277 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 277 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 287 aa  108  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 308 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.15 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.92 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 279 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.49 
 
 		 273 aa  105  7e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.51 
 
 		 271 aa  105  9e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.23 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 279 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 454 aa  102  7e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.45 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.61 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.6 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  34.92 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.38 
 
 		 283 aa  99.8  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 		 298 aa  99  7e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  31.75 
 
 		 280 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  31.38 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 290 aa  95.9  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.32 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 462 aa  94.7  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  29.79 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>