More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2605 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 457 aa  917    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  48.8 
 
 		 458 aa  355  7.999999999999999e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  45.75 
 
 		 462 aa  330  4e-89  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 		 454 aa  301  1e-80  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 286 aa  159  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.82 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.16 
 
 		 286 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 286 aa  156  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 280 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 280 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 289 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 290 aa  144  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 279 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 277 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 274 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 278 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  37.26 
 
 		 613 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 272 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 272 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 277 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 273 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 277 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 274 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 274 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.41 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 273 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  39.52 
 
 		 286 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 277 aa  137  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 		 277 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 		 273 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.43 
 
 		 271 aa  136  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 		 273 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 		 272 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 269 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  38.74 
 
 		 277 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 290 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 279 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 276 aa  134  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 284 aa  133  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  39.78 
 
 		 473 aa  133  5e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  133  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  133  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 289 aa  133  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 277 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  132  9e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 268 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 268 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 294 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 273 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 271 aa  130  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 		 293 aa  130  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 273 aa  130  7.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.25 
 
 		 269 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 288 aa  128  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  34.98 
 
 		 1611 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 277 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 279 aa  127  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45535  predicted protein  36 
 
 		 835 aa  127  5e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.370246  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 270 aa  127  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  35.64 
 
 		 526 aa  126  7e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 		 290 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.47 
 
 		 244 aa  126  9e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.59 
 
 		 274 aa  126  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 		 276 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.1 
 
 		 274 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 265 aa  125  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.96 
 
 		 271 aa  125  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 261 aa  124  3e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 270 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 271 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.32 
 
 		 289 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  29.05 
 
 		 244 aa  123  6e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 271 aa  123  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 		 292 aa  123  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 272 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  27.04 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 		 246 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  35.23 
 
 		 517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 283 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 262 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 271 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.46 
 
 		 272 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 293 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 275 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.56 
 
 		 244 aa  120  6e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  33.2 
 
 		 269 aa  120  6e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 		 265 aa  120  7e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>