More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_4110 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  100 
 
 
613 aa  1238    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  33.86 
 
 
517 aa  260  5.0000000000000005e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  36.48 
 
 
526 aa  249  1e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  42.39 
 
 
280 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 
273 aa  184  5.0000000000000004e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
277 aa  177  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
277 aa  176  8e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
277 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 
277 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 
277 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 
277 aa  174  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
277 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 
277 aa  172  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 
286 aa  171  4e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  38.03 
 
 
301 aa  171  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
308 aa  170  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 
277 aa  170  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.01 
 
 
278 aa  170  8e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 
284 aa  170  9e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.69 
 
 
279 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
277 aa  167  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 
286 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 
279 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
286 aa  163  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.55 
 
 
273 aa  162  1e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 
315 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 
277 aa  162  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
290 aa  160  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  40.66 
 
 
276 aa  160  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 
286 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  39.13 
 
 
270 aa  157  7e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 
297 aa  156  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 
280 aa  155  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  31.53 
 
 
473 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 
279 aa  154  7e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 
454 aa  153  7e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 
300 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 
274 aa  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 
297 aa  151  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
286 aa  151  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 
288 aa  150  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 
289 aa  150  8e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.2 
 
 
269 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 
294 aa  150  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 
275 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
280 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 
462 aa  148  3e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.18 
 
 
271 aa  147  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 
311 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.74 
 
 
298 aa  145  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.42 
 
 
286 aa  145  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 
289 aa  144  4e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 
322 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 
288 aa  144  5e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 
271 aa  144  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.13 
 
 
311 aa  144  6e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 
269 aa  143  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 
271 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 
289 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 
284 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 
269 aa  141  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 
271 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  29.1 
 
 
1611 aa  140  8.999999999999999e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 
283 aa  140  8.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 
284 aa  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 
288 aa  139  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.82 
 
 
283 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  37.26 
 
 
457 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  39.25 
 
 
271 aa  138  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
266 aa  138  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  27.25 
 
 
493 aa  137  7.000000000000001e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 
289 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2478  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 
265 aa  136  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
289 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 
291 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
458 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 
298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
268 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 
280 aa  134  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
268 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.67 
 
 
298 aa  134  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 
286 aa  134  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
283 aa  134  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
298 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
298 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
280 aa  133  9e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0649  bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase protein  26.22 
 
 
478 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 
286 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 
261 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 
277 aa  131  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 
296 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.9 
 
 
295 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 
287 aa  130  8.000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 
279 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 
286 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 
265 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
279 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.72 
 
 
271 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 
286 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>