More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3445 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 271 aa  533  1e-150  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  63.94 
 
 		 272 aa  343  2e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  64.31 
 
 		 274 aa  334  1e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  61.05 
 
 		 272 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  59.93 
 
 		 272 aa  326  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  61.42 
 
 		 273 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  61.19 
 
 		 273 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  55.22 
 
 		 270 aa  318  5e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 273 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  60.67 
 
 		 271 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  60.53 
 
 		 273 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  58.18 
 
 		 276 aa  311  5.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.45 
 
 		 274 aa  311  7.999999999999999e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  60.31 
 
 		 265 aa  308  4e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  56.18 
 
 		 272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  56.18 
 
 		 272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 		 272 aa  302  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 		 272 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 		 272 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  60.08 
 
 		 258 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  54.65 
 
 		 272 aa  300  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  56.93 
 
 		 274 aa  299  3e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  54.31 
 
 		 272 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 		 274 aa  295  6e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  54.31 
 
 		 272 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  55.81 
 
 		 274 aa  295  6e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  58.09 
 
 		 298 aa  288  6e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 273 aa  286  2e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.84 
 
 		 271 aa  282  4.0000000000000003e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.29 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 289 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.57 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.97 
 
 		 295 aa  112  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 454 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.66 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 458 aa  104  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.85 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 283 aa  102  9e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.2 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.17 
 
 		 279 aa  99.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.17 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.27 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  25.21 
 
 		 271 aa  96.7  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 285 aa  96.3  4e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 		 289 aa  95.5  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  24.79 
 
 		 271 aa  95.5  9e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  34.45 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.66 
 
 		 298 aa  94.7  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 296 aa  94  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 286 aa  94  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 273 aa  94.4  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  94  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.44 
 
 		 285 aa  93.2  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  23.84 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  92.8  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  26.59 
 
 		 277 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  26.98 
 
 		 277 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 295 aa  92  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 292 aa  91.3  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 244 aa  92  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  36.32 
 
 		 473 aa  91.7  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  25.97 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  27.78 
 
 		 277 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  25.64 
 
 		 280 aa  89.7  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.11 
 
 		 322 aa  89.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 		 282 aa  89.4  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  30.56 
 
 		 292 aa  89  8e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  23.84 
 
 		 311 aa  88.6  9e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 286 aa  88.6  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  28.08 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  30.64 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 278 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 277 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  36.32 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.33 
 
 		 292 aa  86.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 290 aa  86.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  27.69 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>