More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene JJD26997_1552 on replicon NC_009707
Organism: Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 262 aa  533  1e-150  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  97.71 
 
 		 262 aa  525  1e-148  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  96.95 
 
 		 262 aa  518  1e-146  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  59.92 
 
 		 261 aa  304  8.000000000000001e-82  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  54.92 
 
 		 262 aa  267  1e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 262 aa  249  5e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  47.88 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  47.67 
 
 		 262 aa  236  4e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 		 263 aa  223  3e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  45.25 
 
 		 263 aa  221  9e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.25 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.69 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 269 aa  129  3e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 278 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.15 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 273 aa  125  5e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  32.69 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.37 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 279 aa  122  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 275 aa  122  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 		 288 aa  122  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 273 aa  122  6e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 271 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.62 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 275 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 295 aa  119  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.44 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  32.85 
 
 		 274 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 284 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 289 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 279 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.62 
 
 		 277 aa  115  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 265 aa  115  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 		 285 aa  115  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 279 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  33.86 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 275 aa  115  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.35 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 301 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.77 
 
 		 283 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 		 283 aa  112  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 286 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 269 aa  111  9e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  31.34 
 
 		 290 aa  111  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.82 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  29.78 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.16 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.15 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  31.27 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  31.37 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>