More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1971 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 
310 aa  638    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 
277 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 
276 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 
284 aa  152  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 
289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
277 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
277 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
308 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 
279 aa  149  4e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
277 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 
277 aa  149  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
277 aa  149  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 
289 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 
277 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
280 aa  142  7e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 
278 aa  142  9e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.5 
 
 
298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.28 
 
 
280 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 
279 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 
269 aa  137  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 
276 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  36.56 
 
 
283 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  34.02 
 
 
269 aa  136  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 
282 aa  136  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
291 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.11 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 
286 aa  133  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.67 
 
 
286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 
270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4468  shikimate 5-dehydrogenase  37.14 
 
 
273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 
280 aa  132  5e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 
279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 
279 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  34.95 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 
273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0500  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 
318 aa  129  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.645133  normal  0.846515 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 
277 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 
280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.47 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.47 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 
279 aa  126  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
289 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  34.4 
 
 
286 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 
289 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.79 
 
 
282 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 
306 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 
289 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
294 aa  123  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  35.82 
 
 
284 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.31 
 
 
285 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  35.05 
 
 
277 aa  122  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 
278 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 
289 aa  123  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 
286 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.84 
 
 
295 aa  122  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 
283 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 
288 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.14 
 
 
286 aa  122  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
289 aa  122  8e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 
292 aa  122  9e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
282 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 
284 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 
273 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.39 
 
 
288 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
288 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
283 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  29.39 
 
 
283 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  30.72 
 
 
285 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 
289 aa  119  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
290 aa  119  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 
279 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 
276 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 
287 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  27.3 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 
290 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  29.75 
 
 
280 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.15 
 
 
294 aa  117  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 
278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 
292 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 
292 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 
292 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 
298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 
292 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>