More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0238 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  79.67 
 
 		 301 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  51.49 
 
 		 290 aa  257  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  51.93 
 
 		 277 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  49.3 
 
 		 290 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  48.59 
 
 		 270 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 288 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  47.72 
 
 		 287 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  52.81 
 
 		 277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 288 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 277 aa  242  6e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  49.47 
 
 		 278 aa  242  6e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 288 aa  241  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 288 aa  241  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 		 270 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 288 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  49.08 
 
 		 288 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  48.51 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  52.8 
 
 		 274 aa  239  5.999999999999999e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  46.83 
 
 		 287 aa  238  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  48.13 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  50.94 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 288 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  47.55 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 		 274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 		 277 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  49.65 
 
 		 265 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  48.6 
 
 		 274 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 		 274 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  48.12 
 
 		 275 aa  229  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  47.9 
 
 		 274 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  48.73 
 
 		 274 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  45.17 
 
 		 275 aa  228  8e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  47.55 
 
 		 273 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  50.87 
 
 		 273 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  45.15 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  49.09 
 
 		 274 aa  225  9e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 		 274 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  45.61 
 
 		 273 aa  222  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  49.3 
 
 		 274 aa  222  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  47.18 
 
 		 282 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  46.82 
 
 		 266 aa  221  9e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  45.96 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  46.88 
 
 		 282 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 272 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  47.17 
 
 		 271 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  47.22 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  47.01 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  47.01 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  47.01 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  47.01 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  47.01 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  46.88 
 
 		 282 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  46.48 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  46.88 
 
 		 282 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  46.53 
 
 		 282 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 272 aa  215  7e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  46.34 
 
 		 292 aa  215  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  47.01 
 
 		 272 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  46.34 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  46.91 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  41.84 
 
 		 265 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  46.27 
 
 		 272 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  47.01 
 
 		 272 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 272 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 273 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 273 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 272 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  45.96 
 
 		 273 aa  208  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  41.49 
 
 		 265 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  46.47 
 
 		 272 aa  206  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  44.94 
 
 		 282 aa  206  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  44.64 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  43.51 
 
 		 271 aa  201  9e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  44.56 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  45.09 
 
 		 286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  44.41 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  44.19 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  44.53 
 
 		 272 aa  197  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  46.71 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  46.71 
 
 		 282 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 273 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 273 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 273 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1482  shikimate 5-dehydrogenase  45.96 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 277 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3413  shikimate 5-dehydrogenase  44.91 
 
 		 278 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  44.61 
 
 		 275 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>