More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_1649 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 262 aa  526  1e-148  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  56.98 
 
 		 262 aa  288  7e-77  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  52.45 
 
 		 262 aa  274  1.0000000000000001e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  52.51 
 
 		 261 aa  273  2.0000000000000002e-72  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  51.53 
 
 		 262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 262 aa  252  4.0000000000000004e-66  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 262 aa  249  5e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  49.24 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  44.7 
 
 		 263 aa  228  7e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  44.11 
 
 		 263 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.46 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 265 aa  126  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 277 aa  125  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 277 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 294 aa  116  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 294 aa  115  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 272 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 265 aa  115  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  30.91 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  30.91 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 277 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 273 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 275 aa  112  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 272 aa  112  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 272 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 272 aa  112  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.41 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 		 280 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 280 aa  108  6e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 271 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  29.5 
 
 		 270 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.18 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  32.53 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  31.58 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.09 
 
 		 271 aa  103  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0150  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  30.27 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 311 aa  102  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 306 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00031  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0702833  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>