More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2777 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 306 aa  617  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  85.48 
 
 		 305 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  85.15 
 
 		 305 aa  527  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  61.29 
 
 		 290 aa  329  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  61.34 
 
 		 288 aa  318  7e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 290 aa  315  4e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  61.19 
 
 		 288 aa  315  8e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  60.43 
 
 		 288 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 288 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  58.61 
 
 		 287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  58.46 
 
 		 287 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  60.14 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  60.14 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  60.14 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  57.24 
 
 		 302 aa  308  6.999999999999999e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  59.71 
 
 		 265 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  58.91 
 
 		 277 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  57.61 
 
 		 274 aa  299  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  56.7 
 
 		 294 aa  298  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  54.35 
 
 		 277 aa  291  1e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  56.57 
 
 		 270 aa  285  8e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  53.65 
 
 		 270 aa  276  4e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  55.2 
 
 		 273 aa  272  6e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  51.06 
 
 		 277 aa  271  7e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  54.35 
 
 		 274 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  52.9 
 
 		 271 aa  265  5.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 		 275 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  47.81 
 
 		 282 aa  262  4.999999999999999e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  47.84 
 
 		 266 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  48.23 
 
 		 277 aa  261  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  51.25 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1482  shikimate 5-dehydrogenase  55.4 
 
 		 285 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  52.9 
 
 		 274 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  55.27 
 
 		 282 aa  259  6e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  51.61 
 
 		 274 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  47.3 
 
 		 292 aa  258  8e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  52.31 
 
 		 273 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  50.9 
 
 		 274 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 275 aa  257  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  54.91 
 
 		 282 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 274 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  47.87 
 
 		 277 aa  256  5e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 		 292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  46.28 
 
 		 292 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 		 274 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  48.41 
 
 		 278 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  51.61 
 
 		 274 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  47.14 
 
 		 273 aa  250  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  50.53 
 
 		 278 aa  250  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 286 aa  248  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  50.71 
 
 		 282 aa  248  9e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  48.28 
 
 		 287 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  47.93 
 
 		 282 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  52.04 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  50.9 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 273 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 279 aa  242  6e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 272 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 		 282 aa  241  9e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 282 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4503  shikimate dehydrogenase  53.93 
 
 		 275 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1555  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 275 aa  239  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.297158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  47.25 
 
 		 272 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  47.67 
 
 		 272 aa  238  9e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 		 282 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3413  shikimate 5-dehydrogenase  51.99 
 
 		 278 aa  236  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1087  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 286 aa  236  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.608629  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 		 282 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  47.48 
 
 		 271 aa  236  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  50.94 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  49.28 
 
 		 277 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2197  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0935  shikimate 5-dehydrogenase  51.24 
 
 		 285 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.867637  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3201  shikimate 5-dehydrogenase  50.53 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5512  shikimate 5-dehydrogenase  49.28 
 
 		 277 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.612524  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 		 272 aa  228  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  45.77 
 
 		 273 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 		 271 aa  227  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  44.56 
 
 		 277 aa  225  8e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6532  shikimate 5-dehydrogenase  48.19 
 
 		 277 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 		 273 aa  223  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3407  shikimate 5-dehydrogenase  50.9 
 
 		 286 aa  224  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21779 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 265 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 265 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  49.1 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  52.54 
 
 		 270 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  47.33 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5532  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 278 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5896  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 278 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684807  normal  0.6752 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 		 275 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 		 272 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>