More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1278 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  538  9.999999999999999e-153  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  49.05 
 
 
263 aa  270  1e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 
262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  51.33 
 
 
262 aa  265  5e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  46.92 
 
 
261 aa  247  2e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  44.7 
 
 
262 aa  228  7e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  45.25 
 
 
262 aa  224  8e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  45.25 
 
 
262 aa  221  9e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
262 aa  221  9.999999999999999e-57  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  45.02 
 
 
261 aa  215  5.9999999999999996e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  38.22 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 
277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 
294 aa  142  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
277 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 
277 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 
277 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 
308 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 
295 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.07 
 
 
286 aa  131  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
273 aa  129  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 
292 aa  128  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
278 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 
301 aa  125  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 
279 aa  125  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 
276 aa  125  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
278 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 
291 aa  122  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 
269 aa  122  7e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 
284 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 
275 aa  122  8e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
288 aa  121  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  31.85 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  31.85 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
297 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.99 
 
 
298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  30.33 
 
 
280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  32.8 
 
 
281 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.42 
 
 
279 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 
284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 
271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  29.37 
 
 
289 aa  115  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
272 aa  115  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 
286 aa  115  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.55 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  29.2 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 
273 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 
273 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 
271 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 
273 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  29 
 
 
301 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 
271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 
280 aa  112  5e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  27.97 
 
 
315 aa  112  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
272 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.74 
 
 
283 aa  112  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
272 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
278 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 
271 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  32.24 
 
 
276 aa  111  9e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 
275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 
283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  27.94 
 
 
298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.04 
 
 
289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 
294 aa  110  3e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 
274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.88 
 
 
290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 
298 aa  109  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 
275 aa  108  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 
296 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>