More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3537 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
295 aa  607  1e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 
277 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  43.68 
 
 
277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 
277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 
277 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  43.32 
 
 
277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 
277 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
277 aa  212  7e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 
308 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 
277 aa  209  4e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  43.53 
 
 
277 aa  208  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 
297 aa  203  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  42.35 
 
 
277 aa  202  5e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 
291 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  40.44 
 
 
268 aa  198  7e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  40.44 
 
 
268 aa  198  7e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  41.49 
 
 
276 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  44.53 
 
 
288 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 
273 aa  192  6e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
283 aa  192  6e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  42.24 
 
 
280 aa  192  7e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
278 aa  191  1e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  39.15 
 
 
298 aa  187  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  41.96 
 
 
284 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 
269 aa  185  8e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
279 aa  182  8.000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  37.17 
 
 
280 aa  180  2e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 
280 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 
286 aa  176  4e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  41.22 
 
 
295 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 
286 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.99 
 
 
286 aa  172  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 
275 aa  172  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 
286 aa  172  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.86 
 
 
289 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 
289 aa  171  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.87 
 
 
286 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 
279 aa  170  3e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 
298 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.99 
 
 
269 aa  166  4e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  38.16 
 
 
289 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 
280 aa  165  6.9999999999999995e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.07 
 
 
290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  37.95 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
279 aa  161  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 
297 aa  160  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 
289 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  42.8 
 
 
269 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  37.22 
 
 
285 aa  160  3e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.67 
 
 
284 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 
271 aa  159  7e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 
288 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.96 
 
 
283 aa  158  8e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 
273 aa  158  9e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  38.62 
 
 
296 aa  158  9e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 
290 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
284 aa  157  3e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 
283 aa  156  4e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 
286 aa  155  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 
296 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  36.03 
 
 
274 aa  154  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
269 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 
298 aa  152  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 
293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 
263 aa  151  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 
286 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  35.18 
 
 
244 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 
290 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 
283 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 
301 aa  149  5e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 
295 aa  149  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 
289 aa  149  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
291 aa  149  6e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
284 aa  149  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  39.85 
 
 
284 aa  145  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 
262 aa  146  5e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 
293 aa  145  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 
287 aa  145  6e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
289 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 
266 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 
276 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 
292 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
293 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
300 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 
292 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 
286 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 
280 aa  143  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 
288 aa  144  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 
276 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
298 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
298 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 
282 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 
271 aa  142  9e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>