More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2611 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  99.67 
 
 		 305 aa  613  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  85.15 
 
 		 306 aa  512  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  60.57 
 
 		 290 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  61.36 
 
 		 292 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  61.6 
 
 		 290 aa  317  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  57.59 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  58.46 
 
 		 287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  58.82 
 
 		 287 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 288 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  58.84 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  58.63 
 
 		 288 aa  308  8e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  58.04 
 
 		 294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  54.51 
 
 		 277 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  58.7 
 
 		 288 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  58.7 
 
 		 288 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  58.7 
 
 		 288 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  58.61 
 
 		 265 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  57.04 
 
 		 274 aa  299  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  56.93 
 
 		 277 aa  295  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  56.78 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  54.01 
 
 		 270 aa  278  7e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  55.76 
 
 		 273 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  54.51 
 
 		 271 aa  268  8.999999999999999e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  48.4 
 
 		 277 aa  267  2e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  53.85 
 
 		 282 aa  265  8e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  48.91 
 
 		 282 aa  265  1e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  47.95 
 
 		 292 aa  262  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 		 274 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 266 aa  261  6.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  48.4 
 
 		 277 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  47.93 
 
 		 292 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  52 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  51.79 
 
 		 278 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  53.57 
 
 		 273 aa  256  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 274 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  48.04 
 
 		 277 aa  256  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 275 aa  256  5e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 274 aa  255  5e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 275 aa  255  6e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  53.82 
 
 		 282 aa  255  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  51.44 
 
 		 274 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  51.07 
 
 		 282 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  53.45 
 
 		 282 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  47.37 
 
 		 287 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  48.61 
 
 		 282 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  48.26 
 
 		 282 aa  252  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  52.88 
 
 		 274 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  47.92 
 
 		 282 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  47.92 
 
 		 282 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1482  shikimate 5-dehydrogenase  52.88 
 
 		 285 aa  249  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  47.92 
 
 		 282 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  49.12 
 
 		 278 aa  247  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  47.58 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 273 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 274 aa  244  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1555  shikimate 5-dehydrogenase  52.59 
 
 		 275 aa  242  5e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.297158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 271 aa  242  6e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  48.52 
 
 		 272 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3413  shikimate 5-dehydrogenase  51.81 
 
 		 278 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  47.16 
 
 		 273 aa  240  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  48.04 
 
 		 273 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  48.52 
 
 		 272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1087  shikimate 5-dehydrogenase  51.05 
 
 		 286 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.608629  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4503  shikimate dehydrogenase  52.59 
 
 		 275 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  48.51 
 
 		 301 aa  238  6.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2197  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 		 288 aa  238  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  47.31 
 
 		 271 aa  238  9e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  48.13 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  44.68 
 
 		 277 aa  235  8e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3201  shikimate 5-dehydrogenase  50.89 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217038 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  47.48 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  47.65 
 
 		 272 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  48.73 
 
 		 277 aa  233  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 		 273 aa  229  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6532  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 277 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5512  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 277 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.612524  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  42.28 
 
 		 265 aa  226  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 		 265 aa  226  3e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  43.93 
 
 		 275 aa  225  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  45.49 
 
 		 272 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3407  shikimate 5-dehydrogenase  51.81 
 
 		 286 aa  222  7e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21779 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  46.62 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 		 270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 272 aa  219  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 272 aa  218  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  44.77 
 
 		 272 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  44.77 
 
 		 272 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>