More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene lpl2723 on replicon NC_006369
Organism: Legionella pneumophila str. Lens



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
265 aa  548  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  95.47 
 
 
265 aa  527  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  48.68 
 
 
266 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 
282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 
275 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  44.61 
 
 
273 aa  235  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  44.57 
 
 
265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  47.39 
 
 
274 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  47.19 
 
 
274 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 
274 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  44.78 
 
 
278 aa  227  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  47.04 
 
 
274 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  45.62 
 
 
292 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  43.12 
 
 
270 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 
305 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  45.26 
 
 
292 aa  228  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 
305 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  45.69 
 
 
277 aa  226  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  46.3 
 
 
274 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  44.03 
 
 
272 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  45.93 
 
 
274 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  44.89 
 
 
292 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 
277 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 
274 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 
306 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  44.73 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  43.66 
 
 
272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  45.93 
 
 
274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  43.91 
 
 
270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  43.32 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  45.56 
 
 
274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 
286 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  44.03 
 
 
272 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
287 aa  218  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  46.3 
 
 
273 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
273 aa  218  7.999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
273 aa  218  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
273 aa  218  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
282 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 
270 aa  217  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 
275 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  44.4 
 
 
277 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  43.27 
 
 
282 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  43.42 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0006  shikimate 5-dehydrogenase  43.24 
 
 
271 aa  216  4e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  46.13 
 
 
279 aa  215  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  43.77 
 
 
271 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  43.48 
 
 
302 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  44.98 
 
 
273 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 
282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5512  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 
277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.612524  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 
271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  43.66 
 
 
277 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 
287 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 
272 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  41.84 
 
 
301 aa  210  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  40.66 
 
 
277 aa  209  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 
287 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  42.38 
 
 
272 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  42.38 
 
 
272 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  42.38 
 
 
272 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  42.38 
 
 
272 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  42.38 
 
 
272 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  41.26 
 
 
272 aa  208  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  40.81 
 
 
290 aa  208  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 
272 aa  207  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 
272 aa  206  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 
272 aa  206  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 
273 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  40.82 
 
 
288 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  42.48 
 
 
290 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 
273 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00031  shikimate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 
279 aa  205  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0702833  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
292 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  43.23 
 
 
275 aa  204  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  40.59 
 
 
271 aa  203  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  44.94 
 
 
304 aa  202  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  40.45 
 
 
288 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  40.45 
 
 
288 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  40.45 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  40.45 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  43.17 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 
288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  44.03 
 
 
278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 
294 aa  198  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  41.33 
 
 
272 aa  199  6e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 
288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 
272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  39.26 
 
 
273 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 
275 aa  194  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  40.74 
 
 
272 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 
275 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>