More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2789 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 271 aa  542  1e-153  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  63.33 
 
 		 274 aa  319  3e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  63.33 
 
 		 274 aa  319  3e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  62.96 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  58.91 
 
 		 276 aa  303  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  67.88 
 
 		 273 aa  302  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  55.15 
 
 		 270 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.78 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  59.33 
 
 		 272 aa  301  9e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  60.46 
 
 		 265 aa  298  7e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  62.64 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.93 
 
 		 272 aa  292  5e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  56.72 
 
 		 273 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  56.46 
 
 		 273 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  56.88 
 
 		 273 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.84 
 
 		 271 aa  286  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  56.13 
 
 		 273 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  54.51 
 
 		 272 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.3 
 
 		 274 aa  280  2e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  53.21 
 
 		 271 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 272 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 272 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 272 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 272 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 272 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  51.49 
 
 		 272 aa  267  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 272 aa  265  5.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 272 aa  265  5.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  52.36 
 
 		 258 aa  254  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 295 aa  125  5e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.87 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 283 aa  115  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.26 
 
 		 279 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 270 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.51 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 298 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.25 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 315 aa  104  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.4 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.31 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  27.95 
 
 		 273 aa  102  9e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 458 aa  101  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  26.36 
 
 		 244 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  33.76 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.33 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 280 aa  99.8  4e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  99.4  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 285 aa  99.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 454 aa  98.6  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.57 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  25.48 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  25.32 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  27.67 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 279 aa  96.3  5e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 278 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  25.58 
 
 		 275 aa  95.5  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 285 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.94 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  28.52 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  28.9 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  28.9 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  28.9 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  28.9 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 284 aa  94  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  28.9 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.22 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  35.81 
 
 		 276 aa  94.7  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  28.16 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  28.9 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.17 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  28.8 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  28.9 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 		 295 aa  93.2  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.67 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>