More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2418 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  90.62 
 
 		 258 aa  480  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  70.22 
 
 		 272 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  69.74 
 
 		 273 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  69 
 
 		 273 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  69.12 
 
 		 273 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  69.12 
 
 		 273 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  65.44 
 
 		 272 aa  355  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  60.89 
 
 		 272 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  60.52 
 
 		 272 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  60.52 
 
 		 272 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  60.89 
 
 		 272 aa  341  5.999999999999999e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  60.52 
 
 		 272 aa  341  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 		 276 aa  331  7.000000000000001e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  62.98 
 
 		 265 aa  326  3e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  57.2 
 
 		 272 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  57.2 
 
 		 272 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 272 aa  322  6e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.45 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.67 
 
 		 271 aa  317  1e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  56.34 
 
 		 270 aa  304  9.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  55.43 
 
 		 274 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  53.76 
 
 		 274 aa  288  4e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  53.76 
 
 		 274 aa  288  4e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.22 
 
 		 274 aa  286  2e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  55.43 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  53.51 
 
 		 298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  53.21 
 
 		 271 aa  267  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.28 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.65 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 454 aa  109  5e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.68 
 
 		 290 aa  108  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 286 aa  108  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  26.88 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  26.29 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  26.29 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  26.29 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  31.06 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.56 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  27.49 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  31.06 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 273 aa  102  6e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  31.4 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  31.4 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.91 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 462 aa  100  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.92 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  28.41 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  26.51 
 
 		 280 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  25.79 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  26.69 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  27.67 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  29.08 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  29.08 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  29.08 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  29.08 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 285 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  29.08 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 		 289 aa  95.9  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.8 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  25.5 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  26.51 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.72 
 
 		 279 aa  92.8  6e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  25.5 
 
 		 277 aa  92  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.57 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 280 aa  90.5  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 271 aa  89.7  5e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>