More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1345 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 287 aa  587  1e-166  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 283 aa  338  5e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  57.88 
 
 		 295 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  53.54 
 
 		 295 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.35 
 
 		 290 aa  290  1e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  52.6 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  52.23 
 
 		 296 aa  272  4.0000000000000004e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.59 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 284 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 280 aa  168  8e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 279 aa  160  3e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 273 aa  158  9e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.99 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.32 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.92 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.74 
 
 		 277 aa  152  8e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 288 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 288 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.92 
 
 		 280 aa  146  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  35.76 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.11 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 244 aa  143  4e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.52 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.42 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.52 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.18 
 
 		 290 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.85 
 
 		 268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  34.64 
 
 		 269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.85 
 
 		 268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.81 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 277 aa  136  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.81 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.51 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 454 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.47 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.09 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  38.03 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.82 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 		 289 aa  129  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 271 aa  126  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  32.66 
 
 		 289 aa  125  5e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>