More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3768 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 273 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  97.44 
 
 		 273 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  94.83 
 
 		 273 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  91.51 
 
 		 273 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  70.59 
 
 		 272 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  69.12 
 
 		 271 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  65.07 
 
 		 272 aa  350  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  65.77 
 
 		 258 aa  350  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.99 
 
 		 272 aa  349  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  60.53 
 
 		 272 aa  337  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  60.53 
 
 		 272 aa  337  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  57.72 
 
 		 272 aa  334  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  59.02 
 
 		 270 aa  330  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 		 272 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 		 272 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 		 272 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 		 272 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  57.56 
 
 		 272 aa  328  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.68 
 
 		 274 aa  322  4e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.42 
 
 		 271 aa  322  4e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  61.07 
 
 		 265 aa  320  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  60.52 
 
 		 298 aa  309  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.84 
 
 		 274 aa  309  4e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  58.65 
 
 		 274 aa  308  5.9999999999999995e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  58.65 
 
 		 274 aa  308  5.9999999999999995e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  58.65 
 
 		 274 aa  305  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  61.05 
 
 		 273 aa  294  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  56.88 
 
 		 271 aa  282  4.0000000000000003e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 		 457 aa  122  5e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 289 aa  122  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.98 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 286 aa  109  5e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.94 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.95 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 273 aa  105  7e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  27.5 
 
 		 271 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.35 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  27.08 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.6 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  34.84 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 458 aa  102  8e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.85 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.22 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.22 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.22 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.22 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.22 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.22 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  26.88 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  26.89 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  29.85 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.24 
 
 		 277 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  28.69 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 292 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.36 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.52 
 
 		 289 aa  95.5  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.74 
 
 		 279 aa  95.5  9e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.2 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 		 298 aa  94  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  24.81 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 285 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  27.65 
 
 		 280 aa  93.2  4e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 296 aa  92.4  6e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.23 
 
 		 269 aa  92.8  6e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 278 aa  92.4  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 454 aa  91.7  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 278 aa  91.3  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 291 aa  90.1  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 285 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  35.68 
 
 		 296 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  24.38 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>