More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_1916 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_1916  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 298 aa  592  1e-168  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.174454 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  77.45 
 
 		 273 aa  385  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  73.36 
 
 		 274 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  73.36 
 
 		 274 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  73.72 
 
 		 274 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  60.07 
 
 		 276 aa  326  3e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  60.29 
 
 		 272 aa  323  2e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  56.83 
 
 		 270 aa  318  7.999999999999999e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  56.46 
 
 		 272 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  56.46 
 
 		 272 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  60.52 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1995  shikimate 5-dehydrogenase  60.15 
 
 		 273 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000106153  hitchhiker  0.0000496084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  59.26 
 
 		 273 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.25 
 
 		 274 aa  310  2e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  58.52 
 
 		 273 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  56.46 
 
 		 272 aa  308  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  54.04 
 
 		 272 aa  305  7e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 		 272 aa  304  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 		 272 aa  304  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  55.72 
 
 		 272 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.64 
 
 		 271 aa  298  7e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  58.65 
 
 		 265 aa  297  1e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.09 
 
 		 271 aa  298  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  53.51 
 
 		 271 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5349  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.72 
 
 		 274 aa  278  8e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  53.49 
 
 		 258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.47 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  32.83 
 
 		 457 aa  100  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 458 aa  98.2  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 277 aa  96.7  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 286 aa  95.9  8e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.72 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 271 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  30.83 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  29.13 
 
 		 286 aa  92.4  8e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  27.38 
 
 		 286 aa  92.4  8e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  31.56 
 
 		 517 aa  90.9  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  29.56 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.67 
 
 		 454 aa  90.9  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.21 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 285 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  25.83 
 
 		 280 aa  89.7  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  27.03 
 
 		 273 aa  89.7  6e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 283 aa  88.6  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.47 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 270 aa  88.2  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.64 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  27.91 
 
 		 280 aa  86.7  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  26.32 
 
 		 279 aa  86.7  5e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  23.66 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.09 
 
 		 277 aa  86.3  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  25.23 
 
 		 275 aa  85.5  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 280 aa  85.5  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.74 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.52 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  24.54 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  29.78 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  24.29 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.46 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  23.81 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  29.84 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.84 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.84 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.84 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  30.04 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.84 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.84 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  25.39 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  27.55 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  29.84 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  23.08 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  29.32 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.27 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  27.7 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>