More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1271 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 360 aa  711    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 285 aa  163  5.0000000000000005e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  41.49 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  43.6 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  37.13 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 277 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  41.95 
 
 		 269 aa  157  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.49 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  153  5e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 		 277 aa  152  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 277 aa  151  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  44.73 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  39.08 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 275 aa  149  8e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 		 278 aa  149  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.68 
 
 		 276 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 277 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 288 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 288 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  42.37 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 273 aa  147  3e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 277 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 277 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 277 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 284 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  38.26 
 
 		 270 aa  146  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 289 aa  146  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 		 283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41.9 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  41.9 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 273 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  40.86 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 288 aa  143  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.4 
 
 		 283 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  44.62 
 
 		 282 aa  142  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 		 285 aa  142  9e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 		 279 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 279 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 		 286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 		 279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 		 279 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36.88 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 		 276 aa  139  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.73 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 280 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 278 aa  139  7e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  39.26 
 
 		 278 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.77 
 
 		 292 aa  139  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  41.42 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 283 aa  138  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 286 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  40.71 
 
 		 274 aa  137  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 262 aa  137  4e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.14 
 
 		 279 aa  136  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.93 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 279 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  40.87 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 286 aa  133  5e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 271 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 280 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  34.27 
 
 		 263 aa  132  9e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 		 283 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 275 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.63 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.33 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>