More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5262 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 285 aa  548  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  61.07 
 
 		 287 aa  271  1e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  52.14 
 
 		 279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  52.61 
 
 		 276 aa  230  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  52.61 
 
 		 276 aa  230  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  52.24 
 
 		 272 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  52.08 
 
 		 275 aa  224  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 		 269 aa  218  1e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  51.12 
 
 		 271 aa  217  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  50.77 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  48.89 
 
 		 275 aa  203  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  50.94 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 274 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.17 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  52.69 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  52.22 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  46.69 
 
 		 327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  43.77 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.31 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 		 273 aa  165  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  47.06 
 
 		 312 aa  165  8e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.99 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  43.36 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  43.96 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.54 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  39.39 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  41.61 
 
 		 284 aa  142  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  43.73 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.64 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.12 
 
 		 281 aa  126  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.98 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.35 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 279 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.12 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.67 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  39.31 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  41.09 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  39.62 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 286 aa  115  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.11 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  26.46 
 
 		 311 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 		 286 aa  109  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  38.27 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 278 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.25 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.53 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.31 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.31 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  28.16 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.15 
 
 		 280 aa  102  9e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.85 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  30.96 
 
 		 1611 aa  99.4  6e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 284 aa  97.4  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 277 aa  96.3  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  33.46 
 
 		 283 aa  95.9  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 289 aa  95.9  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 261 aa  95.9  7e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 290 aa  95.5  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 276 aa  95.9  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>