More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3029 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  550  1e-156  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  51.12 
 
 		 273 aa  243  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  55.56 
 
 		 274 aa  239  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  54.7 
 
 		 275 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.96 
 
 		 273 aa  223  2e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.3 
 
 		 295 aa  195  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  48.62 
 
 		 282 aa  193  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 279 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.1 
 
 		 281 aa  189  5e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  53.09 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.21 
 
 		 278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  49.29 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  48.6 
 
 		 267 aa  183  3e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  45.58 
 
 		 276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  45.58 
 
 		 276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  45.58 
 
 		 272 aa  182  6e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  47.5 
 
 		 284 aa  178  9e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  45.68 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  45.77 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  43.77 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.32 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  43.48 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  39.79 
 
 		 323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  44.09 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.73 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  44.68 
 
 		 270 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  43.21 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  41.75 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  44.88 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  44.8 
 
 		 286 aa  145  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  43.77 
 
 		 346 aa  143  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  43.17 
 
 		 275 aa  143  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  41.2 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  41.33 
 
 		 275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  42.54 
 
 		 275 aa  135  5e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.21 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  32.76 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.14 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  38.79 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.38 
 
 		 397 aa  112  9e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 		 277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.51 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 276 aa  108  8.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.09 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.27 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.79 
 
 		 322 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 277 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  33.56 
 
 		 1611 aa  105  8e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.74 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.49 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  26.01 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 284 aa  102  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.88 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  35.17 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.43 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.62 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  33.33 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.62 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 277 aa  98.6  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 		 269 aa  98.6  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.32 
 
 		 286 aa  97.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>